Patrones de resistencia a los antimicrobianos en serovares de Salmonella enterica en Perú, 2012-2015 / Patterns of resistance to antimicrobials in serovars of Salmonella enterica in Peru, 2012-2015

Resumen Introducción: La salmonelosis es una zoonosis universal, causante de frecuentes brotes de enfermedades transmitidas por alimentos; Salmonella enterica es la especie con la mayor prevalencia, describiéndose un aumento progresivo de su resistencia a antimicrobianos. Objetivo: Determinar la frecuencia de serotipos y los patrones de resistencia antimicrobiana en aislados de S. enterica remitidos al Instituto Nacional de Salud, Lima, Perú. Materiales y Métodos: Se realizó un estudio descriptivo, transversal. Se incluyeron en el estudio todas las cepas remitidas como parte de la vigilancia nacional basada en laboratorio entre los años 2012 y 2015. Las cepas fueron confirmadas mediante pruebas convencionales y serotipificadas por el esquema de Kauffmann-White; la susceptibilidad antimicrobiana y la confirmación del fenotipo BLEE se realizó según el método de Kirby-Bauer y método de Jarlier. Resultados: Un total de 540 cepas de S. enterica fueron incluidos en el estudio, de las que 96% (520/540) correspondió a cepas de origen humano y 4% (20/540) de origen no humano (aves, alimentos y ambiental). En muestras humanas, el serovar más frecuente fue S. Infantis (57%), seguido de S. Enteritidis (27%) y S. Typhimurium (6%). Se encontró una alta resistencia a nitrofurantoína (74%), ácido nalidíxico (64%), ciprofloxacina (63%), tetraciclina (63%), ampicilina (56%), cotrimoxazol (56%), cefotaxima (53%) y cloranfenicol (50%). En muestras no humanas, el serotipo más frecuente fue S. Infantis (45%), seguido de S. Typhimurium (40%) y S. Enteritidis (10%). encontrándose una alta resistencia a ciprofloxacina (45%), cotrimoxazol (40%), y tetraciclina (40%). El 65% del total de las cepas presentó resistencia a más de dos antimicrobianos, 43,3% fueron productoras de BLEE y 99% de éstas presentaron resistencia a entre seis y ocho antimicrobianos. Conclusiones: Se encontró una alta frecuencia de Salmonella Infantis productoras de BLEE, con multi-resistencia a los antimicrobianos en los aislados de muestras humanas y no humanas recibidas en el Instituto Nacional de Salud.

Abstract Background: Salmonellosis is a universal zoonosis, causing frequent outbreaks of foodborne illness; Salmonella enterica is the species with the highest prevalence, a progressive increase in its resistance to antimicrobials is described. Aim: To determine the frequency of serovars and antimicrobial resistance patterns in S. enterica isolates submitted to the National Institute of Health, Lima, Peru. Methods: This is a cross-sectional study. All strains referred as part of national laboratory-based surveillance between 2012 and 2015 were included in the study. Strains were confirmed by conventional tests and serotyped by the Kauffmann-White scheme; antimicrobial susceptibility and confirmation of the BLEE phenotype was performed according to the method of Kirby-Bauer and Jarlier's method. Results: A total of 540 strains of S. enterica were included in the study, where 96% (520/540) corresponded to human strains and 4% (20/540) to non-human strains (birds, food and environmental). In human samples, the most frequent serovar was S. Infantis (57%), followed by S. Enteritidis (27%) and S. Typhimurium (6%). High resistance to nitrofurantoin (74%), nalidixic acid (64%), ciprofloxacin (63%), tetracycline (63%), ampicillin (56%), sulfamethoxazole-trimethoprim (56%), cefotaxime (53%) and chloramphenicol (50%) was detected. In non-human samples, the most frequent serotype was S. Infantis (45%), followed by S. Typhimurium (40%) and S. Enteritidis (10%); a high resistance to nalidixic acid (55%), ciprofloxacin (45%), sulfamethoxazole-trimethoprim (40%), nitrofurantoin (40%), tetracycline (40%) was found. 65% of all strains had resistance to more than two antibiotics, 43,3% were ESBL producers and 99% of these had resistance between six and eight antibiotics. Conclusions: We found a high frequency of S. Infantis producing ESBL with multi-resistance to the antimicrobials in human and nonhuman samples received by the National Institute of Health.

Multidrogorresistencia de Salmonella infantis en Perú: un estudio mediante secuenciamiento de nueva generación / Multidrug resistance of Salmonella infantis in Peru: a study through next generation sequencing

RESUMEN Objetivos. Describir los patrones fenotípicos y genotípicos de la resistencia antimicrobiana de Salmonella Infantis en Perú. Materiales y Métodos. Se analizaron 297 cepas de Salmonella sp. remitidas al Instituto Nacional de Salud (INS) en el periodo 2014-2016. Las cepas fueron caracterizadas fenotípicamente mediante pruebas microbiológicas, serológicas y de susceptibilidad antimicrobiana. En base a los patrones de resistencia antimicrobiana se seleccionaron 46 cepas que fueron caracterizadas genéticamente mediante secuenciamiento de nueva generación. Resultados. Se identificaron 193/297 (65,0%) cepas de Salmonella Infantis, de la cuales 143 (74,1%) fueron multidrogorresistentes productoras de betalactamasas de espectro extendido (BLEE). Con el secuenciamiento genómico se evidenció un nuevo perfil para Salmonella Infantis, además, se identificó la presencia de 15 diferentes determinantes genéticos de resistencia a los antimicrobianos codificados en cromosoma bacteriano y cinco codificados en un megaplásmido. Los patrones de resistencia fenotípicos y genotípicos coincidieron, a excepción de la ceftazidima. Asimismo, las 46 cepas presentaron resistencia y/o sensibilidad disminuida a las quinolonas. Conclusiones. Salmonella Infantis se ha convertido en una de las serovariedades más frecuentemente referidas al INS, la cual incluye cepas multidrogoresistentes productoras de BLEE con resistencia a las quinolonas. Finalmente, se reafirma la relevancia del secuenciamiento de nueva generación en la caracterización de nuevas variantes de patógenos de importancia para la salud pública y su uso potencial en los sistemas de vigilancia de resistencia antimicrobiana.

ABSTRACT Objectives. To describe the phenotypic and genotypic patterns of the antimicrobial resistance of Salmonella Infantis in Peru. Materials and Methods. Two hundred and ninety-seven strains of Salmonella sp. submitted to the National Institute of Health (INS, in Spanish) during 2014-2016 were analyzed. The strains were phenotypically characterized by microbiological, serological, and antimicrobial susceptibility tests. Based on antimicrobial resistance patterns, 46 strains were selected and genetically characterized by next generation sequencing. Results. 193/297 (65%) strains of Salmonella Infantis were identified, of which 143 (74.1%) were multidrug-resistant producers of extended spectrum beta-lactamases (ESBL). The genomic sequencing evidenced a new profile for Salmonella Infantis; additionally, it identified the presence of 15 different genetic determinants of antimicrobial resistance coded in bacterial chromosome and five coded in a megaplasmid. The phenotypic and genotypic resistance patterns matched, with the exception of ceftazidime. Moreover, the 46 strains presented resistance and/or decreased sensitivity to quinolones. Conclusions. Salmonella Infantis has become one of the sero-varieties most frequently referred to the INS, which includes ESBLproducing multidrug-resistant strains with resistance to quinolones. Finally, the relevance of next generation sequencing is reasserted in the characterization of new variants of pathogens that are important for public health, and their potential use in antimicrobial resistance surveillance systems.

Serotipos y susceptibilidad antimicrobiana de Shigella aisladas en un instituto de salud pediátrico de Lima, Perú entre enero y julio 2013 / Serotypes and antimicrobial susceptibility of Shigella isolated in Pediatric Health Institute in Lima, Peru from January to July 2013

Objetivos: Determinar la frecuencia de serogrupos y serotipos y el perfil de susceptibilidad antimicrobiana de Shigella sp., aisladas en un instituto pediátrico de Lima, Perú. Material y métodos: Se evaluaron 85 aislamientos de Shigella sp., identificados bioquímicamente y serológicamente a nivel de serogrupo y serotipo por el método de aglutinación en lámina. Los patrones de resistencia antibiótica se determinaron mediante el método de disco difusión en agar. Resultados: De los 85 aislamientos de Shigella sp., 53 (62,3%) correspondieron al serogrupo B (Shigella flexneri), 28 (32,9%) al grupo D (Shigella sonnei) y 4 (4,8%) al grupo C (Shigella boydii), ningún aislamiento correspondió al grupo A (Shigella dysenteriae). Respecto a los serotipos, en el grupo B, fueron 46% 1b, 36% 2a y 18% variante Y; en el grupo C fue C4 y en el grupo D todos fueron Fase I. La evaluación del perfil de susceptibilidad mostró que el 100% de las cepas fueron sensibles a aztreonam, ácido nalidíxico y ciprofloxacina; entre 80 y 90% fueron resistentes a trimetoprim-sulfametoxazol, ampicilina y tetraciclina. Conclusiones: El serogrupo más frecuente fue Shigella flexneri, no se reportó Shigella dysenteriae. Existe elevado nivel de resistencia a Sulfametoxazole/trimetoprim, ampicilina y tetraciclina. (AU)

Objectives: To determine the frequency of serogroups and serotypes and antimicrobial susceptibility profile of Shigella sp., isolated in a pediatric institute from Lima, Peru. Methods: Observational study conducted in 85 isolates of Shigella sp., serologically identified to serogroup and serotype by slide agglutination method. The antibiotic resistance patterns were determined by disk diffusion in agar. Results: 53 (62.3%) were serogroup B (Shigella flexneri), 28 (32.9%) group D (Shigella sonnei) and 4 (4.8%) group C (Shigella boydii) , no bacteria group A (Shigella dysenteriae) was isolated. Respect to serotypes, in group B were 46% 1b, 36% 2a y 18% Y variant; in group C was C4 and in group D all were phase I. Evaluation of susceptibility profile showed that 100% of the strains were susceptible to aztreonam, nalidixic acid and ciprofloxacin; between 80 and 90% were resistant to trimethoprim-sulfamethoxazole, ampicillin and tetracycline. Conclusions: The most common serogroup was Shigella flexneri. Shigella dysenteriae was not reported. There is a high level of resistance sulfamethoxazole / trimethoprim, ampicillin and tetracycline. (AU)

Experiencias en la vigilancia epidemiológica de agentes patógenos transmitidos por alimentos a través de electroforesis en campo pulsado (PFGE) en el Perú / Experiences in the epidemiological surveillance of foodborne pathogens by pulsed field gel electrophoresis (PFGE) in Peru

Las enfermedades transmitidas por alimentos (ETA) y otras enfermedades entéricas infecciosas ocurren a menudo como brotes y son causa de morbilidad y mortalidad en todo el mundo. En el Perú, son un importante problema de salud pública y son causados por una gran variedad de agentes infecciosos. Para la investigación epidemiológica se utiliza una variedad de métodos de tipificación. Una de las herramientas más importantes en la subtipificación molecular de patógenos bacterianos es la técnica de la electroforesis en campo pulsado (PFGE), que es un método altamente resolutivo que permite la discriminación entre diferentes aislamientos bacterianos epidemiológicamente relacionados. El Instituto Nacional de Salud (INS) del Perú integra las redes WHO Global Foodborne Infections Network y la Red PulseNet América Latina y Caribe, con quienes comparte los perfiles genéticos de las cepas patógenas aisladas, permitiendo comparar los genotipos de cepas semejantes halladas en diferentes países y reconocer la ocurrencia de brotes epidémicos en la región, fortaleciendo el sistema de vigilancia epidemiológica regional y generando una rápida respuesta conjunta entre países. Se presenta la experiencia de los dos últimos años sobre los avances en la utilización de estas herramientas estratégicas que nos ha permitido caracterizar patrones de genotipo de principales patógenos implicados en ETA a partir de aislamientos recuperados de la red de laboratorios del Perú.

Foodborne diseases and other enteric infections often occur as outbreaks and cause morbidity and mortality all over the world. In Perú, they represent a serious public health problem, and are caused by a great variety of infectious agents. For epidemiological research, a wide array of typification methods are used. One of the most important tools for the molecular subtyping of bacterial pathogens is the Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE), which is a highly precise method that allows the discrimination between different bacterial isolates which are epidemiologically related. The Instituto Nacional de Salud del Perú (INS) is part of the WHO Global Foodborne Infections Network (WHO-GFN) and of the PulseNet Latin American and Caribbean Net (PN-AL & C), with whom it shares the genetic profiles of the isolated pathogenic strains, so that it is possible to compare de genotypes of similar strains found in different countries and to identify the occurrence of epidemic outbreaks in the region, strengthening the regional system of epidemiological surveillance and generating a rapid, coordinated response between the countries. We present the two last years´ experience including the advances in the use of these strategic tools that have allowed us to characterize genotype patterns implicated in foodborne diseases from isolates recovered in the laboratory network of Peru.

Parasitosis intestinal en pacientes infectados con el Virus de la Inmunodeficiencia Humana / Intestinal parasitosis in patients infected with the human inmunodeficiency virus

El presente estudio prospectivo incluyó 54 pacientes infectados con el Virus de la Inmunodeficiencia Humana (VIH) procedentes de los hospitales de Lima y Callao, para determinar la enteroparasitosis intestinal. La frecuencia parasitaria fue: Blastocytis hominis 23 (49 por ciento), Cryptosporidium sp. 15 (32 por ciento), Trichomonas hominis 11 (23 por ciento), Giardia lamblia 11 (23 por ciento), Isospora belli 4 (9 por ciento), Strongyloides stercoralis 2 (4 por ciento), Hymenolepis nana 2 (4 por ciento), Dyphyllobothrium pacificum 1 (2 por ciento). Entre los comensales Entamoeba coli 17 (2 por ciento). Las técnicas convencionales de diagnóstico parasitológico probaron ser efectivas; la coloración Ziehl-Nielsen modificada en frotis directo fue eficaz para el reconocimiento de los protozoarios coccidiales